במסגרת הטיפול, בני הזוג נפגשים יחדיו על מנת לשוחח על הבעיות בקשר בנוכחותו של המטפל המקצועי. המטפל משמש כמתווך ומקשר המאפשר לבני הזוג להתמודד עם בעיות התקשורת שלהם ולהתגבר על נקודות המחלוקת.
בתחילת הטיפול הזוגי, כל אחד מבני הזוג שוטח בפני המטפל את הנקודות העיקריות שלדעתו מפריעות לתקינות מערכת היחסים. בשלב זה המטפל מגבש הבנה לגבי טיב הבעיות והנושאים סביבן הן מרוכזות ומגבש תוכנית מתווה לשיקום מערכת היחסים של הזוג וליצירת אפיק תקשורת בטוח ואפקטיבי. לעיתים המטפל נוגע בחוויות מהילדות של אחד או שני בני הזוג ובוחן כיצד הם משפיעים על התנהלותו במערכת היחסים.
השלבים הראשונים של טיפול זוגי כוללים שאלות לגבי הדרך בה כל אחד מבני הזוג תופס את מערכת היחסים, הדרך שבה כל אחד מהם מתמודד עם קונפליקטים, המסוגלות הרגשית שלהם למתן תמיכה הדדית רגשית, הדברים שכל אחד מהם עדיין אוהב במערכת היחסים, וכן שאלות שמטרתן להבין מתי היתה נקודת המפנה ומה גרם לה.
הפגישה הבאה תהיה פגישה יחידנית עם כל אחד מבני הזוג בה יובררו נושאים מהעבר, ידונו חששות בנוגע לבעיות התנהגות וכן הלאה. בשלבים הבאים של הטיפול הזוגי, הפגישות הן שוב פגישות זוגיות, ובהן המטפל מנסה לגלות דפוסי התנהגות מכשילים שחוזרים על עצמם, לקדם פתיחות רגשית בין בני הזוג ולבנות את הקשר ביניהם מחדש.